Theo Điều 5 của Đạo luật các Hiệu kỳ 1953, Toàn quyền có thể công bố các hiệu kỳ khác Quốc kỳ và Hồng thuyền kỳ là các hiệu kỳ của Úc. Năm hiệu kỳ được chỉ định theo cách này. Đầu tiên là Hiệu kỳ Hải quân Hoàng gia Úc và Hiệu kỳ Không quân Hoàng gia Úc. Lục quân Úc không có quân kỳ riêng, được trao nhiệm vụ lễ nghi bảo vệ Quốc kỳ.[77] Không quân và Hải quân treo các hiệu kỳ Anh thích hợp (Bạch thuyền kỳ và Quân kỳ Không quân Hoàng gia) cho đến khi sử dụng các hiệu kỳ tương tự dựa trên Quốc kỳ Úc lần lượt vào năm 1948 và 1967.[78] Các hiệu kỳ hiện tại của Hải quân và Không quân lần lượt được thông qua vào năm 1967 và 1982.[79]

Năm 1995, Hiệu kỳ dân Nguyên trú và Hiệu kỳ dân đảo eo biển Torres cũng được chế định là các hiệu kỳ của Úc.[80] Trong khi chủ yếu được nhìn nhận như một cử chỉ hòa giải, sự công nhận này gây một số lượng nhỏ tranh luận vào đương thời, với việc lãnh đạo đối lập John Howard mô tả nó là gây chia rẽ.[81] Một số người Bản địa, như người thiết kế hiệu kỳ Harold Thomas, cảm thấy rằng chính phủ đang chiếm đoạt hiệu kỳ của họ,[81] nói rằng nó "không cần bất kỳ sự công nhận thêm nào".[82]

Hiệu kỳ lực lượng phòng thủ Úc được công bố vào năm 2000. Hiệu kỳ này được sử dụng để đại diện cho Lực lượng phòng thủ khi có hơn một quân chủng tham dự, như tại Học viện Quốc phòng Úc, và Bộ trưởng Quốc phòng.[83]

Ngoài bảy hiệu kỳ được tuyên bố theo Đạo luật các Hiệu kỳ, còn có thêm hai hiệu kỳ Thịnh vượng chung, đó là Hiệu kỳ Hàng không dân dụng Úc, và Hiệu kỳ Hải quan Úc,[84] tám hiệu kỳ phó vương và chín hiệu kỳ cấp bang và lãnh thổ được công nhận là các hiệu kỳ chính thức theo các cách khác.[85]